1. PGS.TS Cao Tiến Trung: Phụ trách chung, tổ chức cán bộ, tài chính, cơ sở vật chất - thiết bị, thanh tra, thi đua. Phụ trách khối văn phòng Viện
2. GS.TS. Trần Đình Thắng: Khoa học và hợp tác quốc tế, Công đoàn, thực hành thí nghiệm, Học liệu - thư viện. Phụ trách bộ môn Hóa thực phẩm, Hóa dược - phân tích kiểm nghiệm.
3. TS. Hoàng Vĩnh Phú: Phụ trách Đào tạo chính quy, Đoàn thanh niên, Hội sinh viên, quản lý HSSV, kiểm định chất lượng, thực tập, rèn nghề. Phụ trách bộ môn Công nghệ Sinh học - Môi trường.